Tractaat en investeringen
Het tekenen van de vrede maakte een einde aan de vijandelijkheden. Er was echter nog geen grens tussen Staats- en Spaans-Vlaanderen vastgesteld. Over de precieze loop werd nog jaren gesteggeld. Pas in 1664 werd dit geregeld bij het zogeheten Tractaat van Grensscheiding. De grensproblemen waren met een regeling overigens lang niet uit de wereld. Zeer regelmatig kwamen er incidenten voor en dat zou blijven duren tot het einde van de achttiende eeuw.

Al voor de vrede was men van mening dat het gebied opnieuw bebouwbaar, bewoonbaar en verdedigbaar moest worden. Dat vereiste veel investeringen. Deze kwamen vooral van de overheid in Den Haag en van particulieren uit Zeeland en Holland.

Bebouwbaar
Men was, na eerdere activiteiten in de jaren vlak voor en het begin van het Twaalfjarig Bestand, begonnen met het herstel van dijken, polders en stadjes. Vanaf de jaren veertig werd de herstelsnelheid opgevoerd. De schaal en het  tempo van de inpolderingen was groter dan de middeleeuwse bedijkingspraktijk. De bekendste polderfinanciers waren de gebroeders Jacob en Cornelis Cats, rondom Groede, maar ze waren zeker niet de enigen. Rond 1670 was het landbouwareaal van Zeeuws-Vlaanderen aanzienlijk vergroot. De polderaanleg en het bebouwen van de grond leverde werk op, maar hard werk. Na 1675 vielen de inpolderingsactiviteiten goeddeels stil.  Latere belangrijke landaanwinst waren de polders rond Waterlandkerkje (c. 1711) en de Hoofdplaatpolder (1775-1778).

Op de vruchtbare kleipolders werd vooral graan verbouwd. Ze werd via de waterwegen uitgevoerd naar de steden in Holland, Zeeland en vooral Vlaanderen. Anders dan voorheen waren de West-Zeeuws-Vlaamse bedrijven marktgericht en vrij groot. Ze bevonden zich in een relatief goede concurrentiepositie, zeker ten opzichte van de bedrijven in Vlaanderen die grote oorlogsschade hadden opgelopen.

Het einde van de oorlog en de terugkeer naar normale tijden trok arbeiders en boeren aan, die op het platteland een bescheiden bestaan wisten op te bouwen. Tot ongeveer de jaren zestig van de zeventiende eeuw groeide de welvaart, daarna begon de regionale economie te vertragen door een combinatie van dalende graanprijzen, stijgende polderlasten en de toenemende concurrentiekracht van de zich herstellende Vlaamse landbouw. Ook de emigratie stokte. Blijkbaar waren de werk- en leefomstandigheden elders in de Republiek beter.

Afbraak, herstel en nieuwbouw
De stadjes en dorpjes profiteerden slechts bescheiden van de activiteiten. Ze bleven klein, de meeste bestonden uit niet meer dan een paar straten. Niettemin wist men geleidelijk de oorlogsverwoestingen te herstellen. Vele befaamde majestueuze middeleeuwse gebouwen moesten als onherstelbaar worden opgegeven. Een groot aantal kastelen, openbare gebouwen, kloosters en kerken zijn toen afgebroken. Een geringer aantal gebouwen werd hersteld, vooral stadhuizen en kerken, zoals te Sint-Anna ter Muiden, Cadzand, Groede, Sluis, Aardenburg en Sint-Kruis. De bebouwde dorps- en stadsplattegrond was verkleind.

In verscheidene plaatsen werden nieuwe kerken gebouwd. In garnizoensstadjes hadden deze vaak de vorm van een zaalkerkje, bijvoorbeeld in Retranchement, Nieuwvliet en Biervliet. In IJzendijke werd in 1612 de op één na oudste Nederlandse kerk gebouwd, speciaal bestemd voor de protestantse eredienst. Het was geen kruiskerk, maar had een achtkante vorm, die al in 1656 vergroot werd. De oudste doopsgezinde kerk in Zeeland, te Aardenburg, is van enkele decennia eerder (1636). Ook tientallen woonhuizen en boerderijen uit deze tijd worden nog steeds gebruikt en bewoond.

Geen terugkeer naar oude tijden 
West-Zeeuws-Vlaanderen werd primair een agrarisch gebied, dat gewasproducten leverde. Nijverheid speelde economisch geen grote rol. Voor echte welvaart en bloei had men een aanzienlijke eigen afzet- en arbeidsmarkt, een breed productaanbod, diensten, een welvarend, dynamisch, nabij achterland, diepe en brede waterwegen, havens en rust nodig. Dat alles was er in West-Zeeuws-Vlaanderen maar gedeeltelijk. Gedeeltelijk, vanwege het geringe aantal bewoners, de eenzijdige, op agrarische opbrengsten gerichte economie. En verder, omdat de winsten niet aangewend werden voor een betere infrastructuur of verbreding van het economisch bestel. De steden van weleer bleven dorpjes, de vroegere dorpen gehuchtjes. De steden in Vlaanderen waren relatief dichtbij en bereikbaar over water. Het loonde daarom niet te moeite veel te investeren in de land- en waterinfrastructuur. Bovendien diende de streek de beveiliging van de zuidgrens van de Republiek en moesten de waterwerken militair, dus afsluitbaar, gebruikt kunnen worden. Ook dat remde een nieuwe dynamiek en investeringen.

Franse en Engelse agressie
Rust was een relatief begrip. In de eerste helft van de eeuw ging de macht van Spanje achteruit en begon Frankrijk opnieuw uit te groeien tot de machtigste staat in West-Europa. Frankrijk aasde op natuurlijke grenzen, dat wil zeggen de Atlantische Oceaan, Pyreneeën, Alpen en Rijn. De Franse expansiezucht leidde in de zeventiende en achttiende eeuw tot verschillende oorlogen, waar Zeeuws-Vlaanderen als grensgebied direct mee te maken kreeg. In juni 1672, tijdens het Rampjaar, mislukte een poging om de streek te veroveren. Een Frans legeronderdeel stuitte toen op onverwacht hevig verzet van de verdedigers van de vesting Aardenburg en trok zich daarna terug in de Zuidelijke Nederlanden.

Even voor de kust, bij Schoneveld,  ten noordwesten van Breskens, troffen precies een jaar later een Staatse vloot onder De Ruyter en een Frans-Engelse vloot onder Ruprecht van de Palts elkaar. De Ruyter, hoewel ver in de minderheid, versloeg zijn tegenstander tot twee keer toe en voorkwam daarmee een Engelse invasie op de Zeeuwse of Hollandse kust. Meer militaire dreigingen zouden volgen.

Verdedigbaar
In de tweede helft van de zeventiende eeuw was het bewustzijn gegroeid dat Zeeuws-Vlaanderen, dus ook het westen, op een andere manier effectiever te verdedigen moest worden. Effectief was niet het versnipperen van de legermacht over vele kleine garnizoenen. Ook niet de inzet van een beperkt aantal arbeiders en middelen voor de onderhoud van vele kleine vestingen en schansen. En tenslotte was het ook onverstandig om geen gebruik te maken van dat wat Zeeuws-Vlaanderen in zijn nabijheid in overvloed had, namelijk water.

Wel effectiever was het concentreren van troepen en middelen in enkele sterke vestingen. En ook het optimaal gebruikmaken van het middel van onderwaterzetting van grondgebied om een vijandelijke opmars te voorkomen. De meest invloedrijke verdediger van dit nieuwe inzicht was Menno van Coehoorn. Als gevolg van het nieuwe beleid werden de meeste stadjes in de laatste twintig jaar van de eeuw gedemilitariseerd.

Drie sterke vestingen werden uitgebouwd tot krachtige bolwerken, te weten Sluis in het westen, Sas van Gent in het midden en Hulst in het oosten. Daartussen werden waterwegen door sluizen en dammen verdedigbaar en geschikt gemaakt om inundaties mee uit te kunnen voeren. En wel op een zodanige manier dat bij inundaties niet alleen het Zeeuws-Vlaamse, maar ook het Noord-Vlaamse grondgebied onder water kon worden gezet. Vooral in zijn functie als gouverneur van Staats-Vlaanderen heeft Coehoorn zich met dit alles intensief bezig gehouden.

Ingewikkelde, ongelijke benoemingen en ‘verkiezingen’
Er waren vele besturen in West-Zeeuws-Vlaanderen. Hun samenstelling werd niet bepaald gekenmerkt door doorzichtigheid en de bevoegdheden waren onderling erg verschillend.

In menig opzicht was het bestuur georganiseerd als in de middeleeuwen, maar er waren ook verschillen. De streek viel niet meer onder het indirecte toezicht van Brugge, maar onder het rechtstreekse bestuur van de Staten-Generaal in Den Haag. Zij benoemden of bevestigden de verkiezingen van de bestuurders, voor het leven (de baljuws) of een jaar (de overigen). Hun vertegenwoordigers reisden naar de streek, bezochten daar alle raden en zette de jaarlijkse ‘verkiezing’ met enige ceremonieel kracht bij.

Het Vrije, ambachten, steden en heerlijkheden
Het Vrije van Sluis was verdeeld in het Aardenburgerambacht het Oostburgerambacht en het Ijzendijkerambacht. Zij bestond grotendeels uit polders en dorpen. Het regering van het Vrije werd geleid door een hoogbaljuw, een burgemeester en acht schepenen.

Binnen het Vrije lagen enige gebieden die in meer of mindere mate zelfbestuur hadden. In meerdere mate waren dat de steden Sint-Anna ter Muiden, Sluis, Aardenburg en Oostburg Zij hadden binnen de stadsgrenzen bestuurlijke en juridisch eigenrecht en werden geleid door een baljuw, een of twee burgemeesters en een aantal schepenen. IJzendijke was een geval apart: het bestuur noemde de plaats een steedje en verwees daarbij naar de stadsrechten van het middeleeuwse, verdronken oud-IJzendijke. De ‘hoofdmannen’ werden in hun jaarlijks ambt bevestigd door het Vrije-bestuur.

De heerlijkheid Breskens beschikte anders dan de steden alleen over bestuurlijke (niet over juridische) rechten. Ook Nieuwvliet was een heerlijkheid, maar daarvan berustten de bevoegdheden bij het bestuur van het Vrije.

Eenentwintigste- of zeventiende-eeuws?
In Biervliet en Midden-Zeeuws-Vlaanderen bestond een andere bestuurlijke situatie. Hier lag het gebied van de in de late zestiende eeuw opgerichte Committimus. Op het bestuur van dit gebied heeft de provincie Zeeland met wisselend succes altijd geprobeerd invloed uit te oefenen. Het bestond naast Biervliet uit Axel en Terneuzen.

De staatsinrichting van de beide laatste was bijzonder: Axel en Terneuzen hadden één regering, die ook bevoegdheid had over de gelijknamige ambachten. Aan het hoofd stond een baljuw, die in Terneuzen woonde, maar een zogeheten stadhouder diende aan te stellen in Axel. Verder waren er twee burgemeesters (een uit Axel, een uit Terneuzen) en twaalf schepenen (zes uit Axel, zes uit Terneuzen).  Later heeft men dit gewijzigd in dertien schepenen en één burgemeester (de laatste moest jaarlijks uit Axel of Terneuzen komen). Van 1600-1643 heeft Biervliet zich bij dit eenheidsbestuur aangesloten, maar daarna koos het toch voor een eigen stadsregering met een burgemeester en vier schepenen. Een overblijfsel uit de tijd van de vereniging was de baljuw, die zowel de hoogste bestuurder van Axel-Terneuzen als Biervliet was. Zijn vertegenwoordiger in Biervliet was, net als in Axel, een stadhouder.

Sociale geslotenheid
Zoals gezegd kregen vele plaatsen een nieuwe bevolking. In het begin van de zeventiende eeuw hadden de ‘nieuwe’ dorps- en stadsgemeenschappen een redelijk open karakter. Sociale promotie was mogelijk, mits men voldeed aan de maatschappelijke gestelde gedrags- en geloofsnormen. In de tweede helft van de zeventiende eeuw werden de hogere maatschappelijke klassen geslotener. Dit werd versterkt door het geleidelijke vertrek van het garnizoen in veel vestingstadjes aan het einde van de eeuw. De aanwezigheid van zo’n garnizoen had de gemeenschap niet zelden een zekere libertijnse kleur gegeven (sommigen spraken overigens van ‘losgeslagen’). Terwijl de maatschappelijke tegenstellingen geleidelijk toenamen en de mogelijkheden van sociale mobiliteit verminderden namen de religieuze spanningen overigens juist af.

Elkaar baantjes toeschuiven
De besturen van de instellingen, zoals de stad, de vierschaar, het weeshuis, het gasthuis en dergelijke werden op den duur gevormd door een klein groepje mensen, dat elkaar elk jaar de stedelijke bestuursbaantjes toespeelde. Afkomst en bezit gingen een bepalende rol spelen. Deze ontwikkeling zette zich in de achttiende eeuw door en werd goedgekeurd door vertegenwoordigers van de Staten-Generaal die behalve de nieuwe bestuurssamenstelling elk jaar de stadsrekening kwamen controleren (en bijna altijd goedkeurden, ook als deze niet klopte).